深圳二手房增值税根据《增值税暂行条例》的相关规定来算。一般情况下，在深圳买卖二手房时，卖方应向税务机关申请备案，并向税务机关申报缴纳增值税，其计算方式为：以实际成交价格为基础，根据当地政府规定的增值税税率（一般为3%计算而得。

另外，买卖双方买卖二手房后，应根据结果向有关税务机关报缴。此外，买方申请房屋按揭贷款时，买卖双方需向金融机构出具书面协议，说明买方承担增值税的比例，以及买卖双方实际缴纳增值税的金额，以及买卖双方实际缴纳增值税的金额。需要注意的是，在二手房买卖过程中，增值税的缴纳需要按照规定的流程进行，缴纳时间过久会受到相应惩罚，因此买卖双方在办理按揭贷款申请程序时应当及时缴纳税款。

深圳二手房增值税的缴纳时间按照成交协议约定，其中双方有关于增值税缴纳事宜的约定将在手续办理过程中具体直接落实，根据不同的结果有不同的约定：（1协议约定由买方完全负担增值税：如增值税由买方完全负担，那么只需要买方在成交时缴纳即可，而卖方也只需要在成交时从买方那里就收取好税款即可。（2双方分担增值税：如果增值税由双方分担，那么卖方可以在协议中附带条款，说明双方在成交时同时缴纳税款，或者买卖双方自行商量所缴纳税款的比例。