1、小产权房没有在房管部门备案，其土地属于农村的集体所有者，居住者只能拥有部分产权，而商品房却由国家以及相关法律认可，购买者拥有全部的产权权利。
2、小产权房没有产权，因此银行不会向其持有者发放购房贷款或抵押贷款，但如果购买者有足够的购买能力，大多数银行都会为其办理商品房贷款。
3、集体土地不得出租、出售或非农业建设用途，小产权房不能进行上市交易，而商品房可以通过转手交易，通过满二唯 一和满五唯 一等方式交易还可以免缴部分税款。
4、小产权房购房后如果遭遇国家征地拆迁，因购房者并非合法的产权人，很难得到拆迁补偿，而商品房的业主就可以获得拆迁补偿。
5、小产权房多数是自建自造，没有严格遵守安全质量方面的检查，而商品房在竣工后需要经由房地产开发行政部门进行验收，相比之下小产权房建筑质量要求更高。
小产权房买卖合同一般以认定无效为准则，认定有效为特例。比如，当买卖双方均为同一集体经济组织的成员，且经过了宅基地审批手续后，可以认定该买卖合同为有效。若是将房屋卖给该集体经济组织以外的成员，特别是城镇居民，建房行为的合法性不论如何，一般都会被认定为无效。
当合同无效或被撤销时，凭借该合同获得的财产应当返还，若不能返还或无必要返还，则应当以折价形式进行补偿。有过错一方应当为对方赔偿损失，如双方都有过错则应各自承担责任。
2、产权房无法办理
城镇居民不能登记发证购买农村土地用于建造宅基地、农民住宅或“小产权房”等违反法规的用途。
3、不能转让
小产权房没有正式的房产证，因此，在法律意义上，它们只具备使用权，且不具备所有权，因此也不能合法的过户。这会大大限制它们的升 值空间和价值潜力。
4、拆迁无法获得补偿
购买小产权房后，由于房屋质量难以保证和售后保修问题，若国家实施征地拆迁，购房者也可能无法获得拆迁补偿。